Choć obecna murowana świątynia powstała w 1799 r., w jej murach zachowane są fragmenty wcześniejszego kościoła. Niegdyś przechowywano w niej m.in. cenny tryptyk z początku XV w., którego skrzydła do dziś są ozdobą Muzeum Narodowego w Krakowie. Obecny kościół w Trzebuni skrywa we wnętrzu barokowe wyposażenie – jest tu ołtarz główny z kopią wizerunku MB Myślenickiej pochodzącą z końca XVII w., ołtarze boczne, ambona, konfesjonał. Interesujący jest Ogrojec przy jednej ze ścian prezbiterium.