Podobnie jak wiele innych parafii w regionie, kościół parafialny w Zakliczynie pojawia się w dokumentach historycznych w 1325 r. Nie wiadomo, czy był murowany, czy drewniany, został jednak zburzony ok. 1566 r. przez właściciela Zakliczyna z rodziny Jordanów, zwolenników reformacji. Pod koniec XVI w. postawiono nowy kościół, zastąpiony przez obecny, drewniany, w 1773 r. Wieża z nadwieszoną izbicą i czterospadowym dachem namiotowym została dodana w połowie XIX w. W kościele przechowywany jest obraz MB Różańcowej z przełomu XVII i XVIII w. oraz cenny krucyfiks gotycki z ok. 1440 r.