Wznoszący się na zachód od rynku kościół parafialny jest już drugą świątynią stojącą w tym miejscu. Pierwsza powstała w okresie lokacji Myślenic, czyli między 1342 a 1354 r., z fundacji kasztelana krakowskiego Spytka z Melsztyna. Została jednak zburzona w 1457 r. przy okazji walk między zbuntowanymi wojskami zaciężnymi a lojalnymi oddziałami królewskimi. Nową świątynię wzniesiono po 1465 r. W 1543 r. dobudowano renesansową wieżę, podwyższoną na początku ubiegłego wieku o dwa piętra i obecny, neogotycki hełm. Sylwetka kościoła zachowała charakter gotycki ze szkarpami wspierającymi mury nawy i prezbiterium, między którymi przebito wąskie, wysokie okna. Gotycki charakter mają też trzy portale. Wnętrze świątyni przykrywa sklepienie kolebkowe z lunetami z 1790 r. Wystrój reprezentuje głównie styl barokowy. Do świątyni prócz zakrystii przylegają dwie kaplice. Od północy Antoni Oboński ufundował w 1794 r. kaplicę Pana Jezusa. Od południa do kościoła dobudowana jest kwadratowa, nakryta kopułą kaplica MB ufundowana przez hetmana wielkiego koronnego Stanisława Koniecpolskiego w latach 1642–46 jako wotum za przywrócenie wzroku jego synowi Aleksandrowi. W ołtarzu kaplicy umieszczono obraz MB Myślenickiej, namalowany przed 1590 r. w stylu późnego renesansu włoskiego, będący własnością papieża Sykstusa V. W 1596 r. obraz trafił do Polski, od 1633 r. znajduje się się w myślenickim kościele, po zbudowaniu kaplicy został zaś umieszczony w jej głównym ołtarzu.